Pengajian ba’da subuh diisi dengan pengajian Al Qur’an yang terbagi dalam beberapa kelompok, dengan satu pengajar di masing-masing kelompok. Kegiatan ini dilaksanakan setiap hari kecuali hari Selasa dan Jumat. Kelompok A Santri pada kelompok ini memiliki kualifikasi sudah lancar membaca al-Qurán, menguasai ilmu tajwid, makhorijul huruf dan fashohah dengan baik. Kelompok B Santri pada kelompok ini memiliki kualifikasi sudah lancar membaca Al Quran namun belum menguasai ilmu tajwid, makhorijul huruf atau fashohah dengan baik. Kelompok C Kelompok ini diperuntukkan bagi santri yang kurang lancar dalam membaca Al Quran. Kelompok D Kelompok D terdiri dari santri yang benar-benar kurang lancar dalam membaca Al Quran. Pondok Putri Pesantren Tebuireng mulai didirikan pada tahun 2004 oleh KH. M. Yusuf Hasyim selaku pengasuh Pesantren Tebuireng saat itu, didirikannya Pondok Putri ini karena banyaknya masukan dari berbagai pihak. Pada awal pendirian, santriwati yang tinggal di pondok ini tidaklah banyak, hanya sekitar 60 santri yang terbagi dalam 4 kamar.
Meskipun mengalami masa masa sulit, namun lambat laun santriwati yang tinggal di pondok ini terus bertambah, bahkan awalnya hanya 1 gedung asrama, sekarang menjadi beberapa gedung dan terus dibangun untuk melayani permintaan masyarakat yang ingin mondokkan putrinya disini.
Dengan jumlah santriwati saat ini yang mencapai 800 anak, Pondok Putri Pesantren Tebuireng terus mengembangkan program-program pendidikan dan pengajian, bahkan untuk penempatan asrama santriwati, dikelompokkan sesuai program unggulan yang diambil agar lebih intensif dalam pengawasan.
Sistem Pengajian
Pengajian Ba’da Subuh
Pengajian Al-Qur’an ini menggunakan klasifikasi kelas berdasarkan kemampuan yang dimilki oleh santri. Pengklasifikasian ini dimaksudkan untuk memberikan bimbingan dan pengajaran yang sesuai dengan kemampuan. Ada empat kelompok pengajian Al-Qur’an, yaitu kelompok A, B, C dan D.
Evaluasi Al Quran diadakan setiap semester dan santri yang lolos tes dapat naik ke tingkat selanjutnya. Sedangkan bagi mereka yang berada di kelompok A, santri akan terus dibimbing dan dipersiapkan untuk menjadi pengajar Al Quran. Adapun metode pengajaran Al Quran disesuaikan dengan tingkat kelompoknya dan sudah disepakati sebelumnya oleh seluruh pengajar di tingkatan tersebut.
Pengajian Ba’da Maghrib
Adapun pengajian ba’da maghrib dibedakan sesuai program khusus tiap santri yang terdiri dari : Program Kitab, Tahfidz dan Bahasa. Adapun santri yang tidak mengikuti tiga program tersebut maka masuk program regular yakni pengajian secara umum utamanya hadits.
Program Kitab
Program kitab ini adalah program khusus bagi santri yang ingin mempelajari kitab kuning secara mendalam. Program ini dibedakan kedalam dua kelompok yaitu Ula (dasar) dan Wustho (lanjutan).